The 'neutral' space colony of Heliopolis houses Morgenroete, a top-secret weapons research facility specializing in producing the battleship Archangel and five prototype Gundams for the Earth Alliance Force. ZAFT, the rebel army composed of genetically modified humans known as Coordinators, attacks Heliopolis, stealing four of the five prototypes. Civilian Kira Yamato, a Coordinator raised by Natural parents, stumbles upon the Gundam Strike during the attack. He pilots the mobile suit for the Earth Alliance Force in order to protect his Natural friends and finds himself locked in mortal combat with his childhood best friend, Coordinator Athrun Zala, who is now an ace pilot for ZAFT. Their friendship…

В сердце Евразии 30 лет назад в результате неизвестного явления, впоследствии названного «Пространственным разломом», было уничтожено около 150 миллионов человек. После этого «пространственные разломы» меньшей силы все ещё появляются в Японии, предвещая появление существ из другого измерения, именуемых «Духами». Однажды во время одного из них Шидо Ицука сталкивается с таинственной безымянной девушкой, которую он потом называет Тока. От своей сестры Котори он узнаёт, что Тока является одним из «Духов», которые ответственны за «пространственные разломы» и гибель людей. Чтобы предотвратить угрозу для человечества, он должен заставить Току влюбиться в него, для чего ему нужно пойти с ней на свидание.

Далёкое будущее. Небывалый всплеск развития планеты закончился, множество городков пустуют или находятся на грани исчезновения. В одном из таких городков мальчик по имени Рентон Тёрстон попросту растрачивает себя, пытаясь научиться популярному воздушному виду спорта — рифингу. Лишь оказавшись в море из воздушного пространства, можно по-настоящему понять, что значит чувство свободы, такое далёкое от в остальном приземлённой жизни.Когда в жизни Рентона неожиданно появляется Эврика — загадочная девочка с глазами цвета аметиста, — ему выпадает шанс ощутить вкус свободы.