Третий объект, отобранный институтом Marduk, третье дитя. Он застенчив, необщителен, сомневается в ценности своей жизни, привык быть один и, впадая в депрессию, может убежать из дома и жить на улице, ночуя в кинотеатре. Так как он отвергнут отцом, считает себя никому ненужным. Практически не имеет друзей (в сериале показаны только два школьных друга — Кэнсукэ Аида и Тодзи Судзухара). Свою работу пилота Синдзи не любит и два раза за сериал пытается покинуть место пилота. К необходимости же защищать человечество относится достаточно безразлично. Так, в первой серии, кроме него, некому было защищать город-крепость Токио-3, однако Синдзи отказывается пилотировать Евангелион до тех пор, пока не возникает…