В 1996 году Паттерсон ушёл из рекламы и посвятил все свое свободное время написанию романов. Главным героем большинства его произведений стал Алекс Кросс - бывший судебный психолог вашингтонского департамента полиции и федерального бюро расследования. В настоящее время работает в качестве частного психолога и консультанта правительства. Кросс является самым любимым героем читателей Паттерсона. За последние 10 лет серии произведений об Алексе Кроссе являются самыми продаваемыми в США. За 33 года писательской деятельности Паттерсон написал 65 романов. На сегодняшний день он 19 раз попадал на первую строчку «Бестселлеров Нью-Йорк Таймс», а также является рекордсменом по количеству бестселлеров одного автора (56) за что также попал в Книгу Рекордов Гиннеса. За последние годы были проданы больше копий его романов чем у Стивена Кинга, Джона Гришема и Дена Брауна, вместе взятых. В числе полученных им наград «Премия Эдгара», «Международный Триллер Года», «Выбор Детей: Лучшая Книга Года». Он появился в популярном шоу «Симпсоны» в эпизоде «Yokel Chords» и в нескольких эпизодов сериала «Касла» в роли самого себя. Паттерсон любит сотрудничать с другими авторами, в числе которых Максин Паэтро, Эндрю Гросс и Питер Дехондж. По его словам такое сотрудничество вносит новые и интересные идеи в его рассказы. В настоящее время он работает со шведской писательницей Лизой Марклунд над книгой «Открытка убийцы», которая должна выйти в августе 2010 года. Действия книги происходит в Стокгольме, где расследуют убийства молодых пар по всей Европе. Впервые книга появится на прилавках Швеции, а уже за тем в США и во всем мире. В сентябре 2009 Паттерсон подписал контракт до 2012 года на написание 11 книг для взрослых и 6 для детей. По сообщениям «Forbes» эта сделка стоит не менее $150 млн, но Паттерсон уверяет что разговор о цене находится в процессе обсуждения. В 2005 году Паттерсон основал «Премию Дж. Паттерсона» чтобы лично отдать около $850000 в награду за нахождение оригинальных и эффективных способов распространения интереса к книгам и чтению. Однако в 2008 году награды перестали вручаться, и Паттерсон решил сосредоточить внимание на его новом проекте- ReadKiddoRead.com, который помогает родителям, учителям и библиотекарям найти самые лучшие книги для своих детей.