Родился в 1957 г. в г. Нисиномия префектуры Хёго. В 1981 г. окончил отделение эстетики филологического факультета Токийского университета. Во время учебы в университете вступил в клуб любителей хайку и начал изучать историю японского языка. В 1984 г. его повесть «Человек-телефон» получила премию журнала «Кайэн» за литературный дебют. Среди других его произведений — «Жизнь в лабиринте», «История романа, история чистой любви», «История упадка садов Зевса», «Дорожная тоска в бутылке», «Дни Кабуки» (премия Юкио Мисимы). Он также активно выступает как поэт в жанре хайку и является автором посвященных хайку книг «Хайку: практическое руководство для молодежи» и «Играем в хайку». Он глубокий знаток театра Кабуки и мастер игры в «японские шахматы» сёги. Ныне проживает в Токио.
Кёдзи Кобаяси с успехом использует в своих произведениях пародию и пастиш, деконструируя повествовательные условности литературы нового времени. Один из характерных примеров — рассказ «Ответный удар Японии» (вошел в одноименный сборник рассказов 1994 г.). Автор прибегает здесь к иронии и гротеску, дающим возможность взглянуть на себя со стороны.
Глубокое знание традиционных искусств, таких как хайку, театр Кабуки, сёги, позволяет Кёдзи Кобаяси парадоксально сочетать в своем творчестве постмодернизм и японскую классическую культуру.