Родился в 1951 г. в г. Ономити префектуры Хиросима. Учился в колледже Надо гакко, одном из самых престижных в префектуре Хёго, затем поступил в государственный университет Йокогамы. Во время учебы в университете стал активным участником Всеуниверситетского движения совместной борьбы (леворадикальное студенческое движение), подвергался аресту. Бросив учебу, в течение десяти лет зарабатывал себе на существование, работая чернорабочим в Йокогаме. Дебютировал в 1981 г. романом «Пока, хулиганье!», получившим премию журнала «Гундзо» за лучший дебютный роман. В 1988 г. повесть «Японский бейсбол, элегантный и сентиментальный» получила премию Юкио Мисимы. Сейчас проживает в Токио.
Среди других его произведений выделяются «По ту сторону радуги», «Джон Леннон против марсианина», «Кошка, прочитавшая Джеймса Джойса», «Охотники за привидениями», «Только для взрослых», а также сборник эссе на литературные темы «Возможно, именно так следует понимать литературу». Он также пишет репортажи со скачек, выступает в телевизионных шоу.
Гэнъитиро Такахаси — яркий представитель постмодернизма в японской литературе, для которого характерно широкое пародийное использование телевидения, комиксов и прочей массовой культуры. С другой стороны, он из самых начитанных японских писателей и его постмодернистские игры стали возможны не в последнюю очередь благодаря глубокому знанию мировой литературы. Его повести и рассказы демонстрируют одну из крайних форм развития современной японской литературы. Рассказ «В деревне Пингвинке перед заходом солнца» вошел в одноименный сборник (1989).