Выдающийся японский писатель, видный представитель «третьих новых». Осмысление самой возможности и характерных особенностей христианства в Японии — центральная тема творчества писателя. Часто называется «японским Грэмом Грином». Основные сочинения: романы «Молчание», «Самурай», «Скандал», «Глубокая река», очерки «Матери» и «Жизнь Иисуса». Произведения переведены на многие языки мира, включая русский.
Эндо лауреат практически всех литературных премий Японии. В 1955 году его удостаивают Премии имени Рюноскэ Акутагавы за книгу «Белый человек» (白い人). В 1966 он получает Премию имени Дзюнъитиро Танидзаки за «Молчание» (沈黙). За книгу «Самурай» (侍) Эндо был награждён литературной премией имени Номы 1980 года.
Несколько раз Эндо был номинирован на соискание Нобелевской премии по литературе, но так и не получил её. Предположительно, некоторым членам Нобелевского комитета не пришлась по душе книга Эндо «Скандал» (スキャンダル), граничащая в их понимании с порнографией.